Construire un arbre à partir de séquences d’ADN
On dispose d’un fichier contenant les séquences de trois gènes chez six individus, soit 18 séquences au total :
- Quatre Homo sapiens actuels
- Deux fossiles d’Homo neanderthalensis
- Télécharger le fichier (clic droit + enregistrer (la cible du lien) sous…) et l’enregistrer dans le dossier Documents.
- On cherche à construire un arbre phylogénétique pour chacun des trois gènes étudiés. La méthode et le résultat sont décrits pour le premier gène.
1. Démarrer le logiciel GenieGen et ouvrir le fichier des séquences préalablement enregistré.
2. Décocher toutes les séquences (Menu: Sélection / Tout décocher)
3. Cocher uniquement les séquences correspondant au gène à étudier, et le premier gène (G1) :
4. Réaliser un alignement des séquences du gène G1 (Menu Action / Alignement) :
5. Une fois l’alignement obtenu, cliquer dans le menu sur Informations :
6. On obtient le tableau de comparaison deux à deux des séquences, à partir duquel on peut construire l’arbre phylogénétique :
7. On construit alors l’arbre selon la méthode indiquée :
Cet arbre montre une séparation nette entre les Homo sapiens et les Homo neanderthalensis, et va dans le sens d’une évolution « buissonnante », sans mélange entre deux deux espèces.
Faire de même avec les gènes G2 et G3 et conclure à partir des trois arbres phylogénétiques obtenus.